Die Organisation von Chinantlan ist in drei Hauptbereiche eingeteilt:

Die Hauptversammlung

Die Hauptversammlung ist die höchste Autorität und hat, unter anderem, die Verantwortung Entscheidungen über Projekte, Finanzierung, Budget, Verordnungen und Berichte zu treffen. Außerdem wählt die Hauptversammlung den Vorstand und stellt den jährlichen Arbeitsplan der Organisation auf. Aktuell umfasst die Hauptversammlung 22 Mitglieder, alles Einwohner Chinandegas.

Der Vorstand

Der Vorstand ist Verantwortlich für die allgemeine Verwaltung Chinantlans und besteht aus folgenden Mitgliedern:

• Präsident und gesetzlicher Vertreter: Auxiliadora Judith Granera Busatamente
• Vizepräsident: Juan Salvador Ramos Linarte
• Sekretärin: Maritza Esperanza Andino Gutierrez
• Schatzmeister: Cecilia Maria Garache Marin
• Rechtsanwalt: Conception Borbon Ramos
• Vorstandssprecher: Alamara S. Gallo
• Vorstandssprecher: Ajax Rafael Fonseca Trujillo

Der Hauptkoordinator

Der Hauptkoordinator ist Javier Espinoza. Er leitet die Abteilungen der einzelnen Projekte zusammen mit dem operativen Team.